台湾镇总兵受台湾道(建省前)及福建台湾巡抚(建省后)节制,初期统辖镇标中营兼辖台湾北路协、台湾水师协二协、台湾城守营与台湾南路营等营,依照1728年的《台湾府疆域图》所示,澎湖水师营2017名、台湾水师营2532名、台湾镇本部连同标中营2633名、北路营898名和南路营898名;驻台官兵合计8978名。1733年,澎湖水师营改制为澎湖水师协,其后又略有增减。而一般而言,掌管兵力约于10000名至15000名之间。所分配方式,约如乾隆年间奏章所奏:“台湾澎湖水陆兵丁一万二千一百七十六名。除水师兵四千一百六十三名外,南北两路共兵八千零十三名。
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